En la actualidad, el método de referencia para la caracterización de aislados del PRRSv es el análisis de secuencias de genomas víricos. Se llevan a cabo secuenciación y análisis filogenético en productos de PCR procedentes de muestras analíticas, y el suero y los tejidos infectados aportan los datos más fiables.
Normalmente, los datos sobre la secuencia ORF5 de alta variabilidad son los más fiables para la distinción de cepas (101), y está disponible una amplia biblioteca de secuencias ORF5 a efectos de comparación. Las relaciones filogenéticas entre cepas se visualizan utilizando dendrogramas, que pueden generarse al nivel de cada granja para controlar los cambios locales en el grupo, como la aparición de una nueva cepa o la reaparición de una infección. Sin embargo, las mutaciones no aleatorias, como las que se producen a través de recombinación o selección genética, pueden afectar a los patrones del dendrograma. Por ello, hay que actuar con precaución al interpretar datos sobre posibles nuevos virus en el grupo (102).
