Il sequenziamento del virus confronta gli acidi nucleici amplificati agli aminoacidi corrispondenti presenti in una regione bersaglio in base all’omologia percentuale e al clustering. La regione utilizzata più comunemente è l’ORF5. Per l’RFLP, si utilizzano enzimi per tagliare gli acidi nucleici e si confrontano i pattern. Il sequenziamento del virus è più preciso dell’RFLP. Ceppi simili possono avere pattern RFLP diversi, mentre ceppi con un pattern RFLP simile possono avere acidi nucleici sufficientemente dissimili da essere collocati in raggruppamenti filogenici diversi. Per questi motivi, il sequenziamento del virus sta diventando l’approccio raccomandato. Nessuno di questi due strumenti viene utilizzato per monitorare la presenza di PRRSV, tuttavia sono stati ritenuti il test ottimale per confermare la specificità della RT-PCR.
L’analisi delle sequenze dei genomi virali è ormai il metodo di elezione per la caratterizzazione degli isolati di PRRSv. Il sequenziamento e l’analisi filogenetica vengono eseguiti su prodotti PCR provenienti da campioni; i dati più attendibili vengono forniti dal siero e dai tessuti infetti. Generalmente, i dati relativi alla sequenza ORF5, altamente variabile, sono i più attendibili per distinguere i ceppi, ed è disponibile un’ampia libreria di sequenze ORF5 per il confronto. I rapporti filogenetici fra i ceppi vengono visualizzati con l’ausilio di alberi genealogici, che possono essere generati a livello di singolo allevamento per monitorare le variazioni locali all’interno dell’ allevamento, come la comparsa di un nuovo ceppo oppure la ricomparsa di un’infezione. Tuttavia, le mutazioni non casuali, per esempio quelle dovute alla ricombinazione o alla selezione genetica, possono influire sui pattern degli alberi genealogici. Occorre dunque adottare cautela nell’interpretazione dei dati relativi ai potenziali nuovi virus all’interno dell’allevamento..
