Het klinisch beloop van een PRRSv-infectie hangt af van de leeftijd, de fysiologische toestand (het al dan niet drachtig zijn van een geïnfecteerde zeug/gelt en het trimester van de dracht waarin de geïnfecteerde zeug/gelt zich bevindt), de immuunstatus van het betreffende dier, en van de mate van virulentie van de virusstam waarmee het dier geïnfecteerd is.
PRRSv wordt over het algemeen in verband gebracht met twee overkoepelende syndromen: vruchtbaarheidsproblemen bij drachtige zeugen en luchtwegproblemen bij biggen.
Onder varkens die voor onderzoeksdoeleinden werden geïnfecteerd met negen verschillende isolaten van type 2 van PRRSv, bleken zeer grote verschillen te bestaan voor wat betreft het klinisch beeld, de rectaal gemeten temperatuur en de aanwezigheid van met het blote oog waarneembare en histologisch vastgestelde longlaesies. Dieren die met een lichtvirulent isolaat of het lelystadvirus waren geïnfecteerd, kregen last van kortdurende koorts, dyspneu (benauwdheid) en tachypneu (versnelde ademhaling). Infectie met een hoogvirulent isolaat resulteerde in bemoeilijkte ademhaling, koorts, lethargie en anorexie. Ook hebben onderzoekers vermeld dat het effect op de vruchtbaarheid isolaatafhankelijk zou kunnen zijn.
