Sequentieanalyse van PRRSv

Het in kaart brengen van genoomvariatie geeft meer inzicht in de overdracht van het virus en in overeenkomsten tussen virussen die op verschillende momenten en in verschillende geografische regio’s voorkomen. Hiervoor wordt gebruikgemaakt van zowel sequentieanalyse als RFLP-analyse (RFLP staat voor Restriction Fragment Length Polymorphism).

"Bij sequentieanalyse van PRRSv worden geamplificeerde nucleïnezuren en hun bijbehorende aminozuren in een doelregio vergeleken, aan de hand van procentuele overeenkomsten en clustering. ORF5 is het meest gebruikt bij sequentieanalyse van PRRSv. Bij RFLP-analyse worden de nucleïnezuren met behulp van enzymen gesplitst, waarna de patronen vergeleken worden. Sequentieanalyse van PRRSv is nauwkeuriger dan RFLP-analyse. Vergelijkbare virusstammen kunnen namelijk toch een verschillend RFLP-patroon laten zien en virusstammen met een vergelijkbaar RFLP-patroon kunnen over dusdanig verschillende nucleïnezuren beschikken dat ze bij verschillende fylogenetische groepen worden ondergebracht. Daarom wordt steeds vaker de voorkeur gegeven aan sequentieanalyse. Geen van beide methoden wordt gebuikt voor screening op PRRSv, maar deze analyses zijn wel aangemerkt als een goudenstandaardtest voor situaties waarin de specificiteit van RT-PCR gecontroleerd moet worden.

Sequentieanalyse van de virusgenomen is nu de voorkeursmethode voor het karakteriseren van PRRSv-isolaten. Bij sequentieanalyse en fylogenetische analyse wordt gebruikgemaakt van de uit testmonsters verkregen PCR-producten. Serum en geïnfecteerde weefsels leveren de betrouwbaarste gegevens op.  Voor het onderscheiden van virusstammen zijn gegevens die betrekking hebben op de zeer variabele ORF5-sequentie doorgaans het betrouwbaarst. Er is een grote hoeveelheid ORF5-sequenties beschikbaar ter vergelijking. De fylogenetische verwantschap tussen verschillende stammen wordt met behulp van dendrogrammen inzichtelijk gemaakt. Het is mogelijk dendrogrammen op te stellen op bedrijfsniveau, zodat plaatselijke veranderingen bij de op het betreffende bedrijf aanwezige varkens in de gaten gehouden kunnen worden. Zulke veranderingen kunnen bijvoorbeeld bestaan uit het verschijnen van een nieuwe virusstam of het weer de kop op steken van een infectie. Mutaties die niet toevallig zijn ontstaan maar bijvoorbeeld het gevolg zijn van recombinatie of genetische selectie, kunnen echter ook invloed hebben op dendrogrampatronen. Voorzichtigheid is dus geboden bij het interpreteren van gegevens over mogelijke nieuwe virussen binnen het bedrijf.