Giải trình tự gen so sánh các acid nucleic đã được khuyếch đại và các amino acid tương ứng của chúng trong một vùng đích dựa trên mức độ tương đồng. Đoạn OFR5 thường được sử dụng nhất. Trong kỹ thuật RFLP, các enzyme được sử dụng để cắt các acid nucleic và các mẫu dùng để so sánh. Giải trình tự gen có độ chính xác cao hơn hơn RFLP. Những chủng tương đồng có thể có các phân đoạn RFLP khác nhau, nhưng cũng có các chủng với phân đoạn RFLP tương đồng lại có thể có các acid nucleic khác nhau. Do vậy, giải trình tự gen luôn là phương pháp được khuyến cáo sử dụng. Cả 2 phương pháp này đều không được sử dụng để tầm soát sự có mặt của virus, tuy nhiên chúng được xem như tiêu chuẩn để xác nhận độ đặc hiệu của kỹ thuật RT-PCR.
Giải trình tự gen virus hiện đang là phương pháp được chọn để mô tả các chủng virus PRRS phân lập được. Giải trình tự và phân tích chuỗi gen được thực hiện trên các sản phẩm PCR từ những mẫu thí nghiệm, có thể là huyết thanh và mô bị nhiễm bệnh, sẽ cho các kết quả đáng tin nhất. Dữ liệu trên chuỗi ORF5 đa dạng cao sẽ giúp phân biệt các chủng virus một cách chín xác nhất, và hiện có một kho dữ liệu của chuỗi ORF5 dùng để so sánh. Những quan hệ phát sinh giữa các chủng virus được mô tả thông qua biểu đồ hình cây, và điều này có thể giúp giám sát sự thay đổi trong nội bộ đàn, sự xuất hiện các chủng mới hoặc tái nhiễm virus. Tuy nhiên, những biến đổi thông qua sự kết hợp gen có thể ảnh hưởng tới các phân đoạn trong biểu đồ cây. Do đó, cần chú ý khi giải thích dữ liệu về khả năng có những chủng virus mới trong đàn .
