Diễn biến lâm sàng khi nhiễm virus PRRS phụ thuộc vào độ tuổi, tình trạng sinh lý (tình trạng mang thai và thời gian mang thai của heo nái và hậu bị nhiễm bệnh), tình trạng miễn dịch của thú và độc lực của chủng virus gây bệnh.
Hiện có 2 hội chứng chính liên quan đến virus PRRS: rối loạn sinh sản trên nái mang thai và bệnh hô hấp trên heo con.
Các nghiên cứu đã tìm ra rằng khi gây nhiễm cho heo trong điều kiện thí nghiệm với 9 chủng PRRS týp 2 khác nhau thì các biểu hiện lâm sàng, nhiệt độ trực tràng, bệnh tích đại thể và bệnh tích vi thể đều khác nhau. Heo nhiễu chủng độc lực thấp có hiện tượng sốt nhẹ, ngủ lịm và chán ăn; trong khi đó heo nhiễm chủng độc lực cao thì xuất hiện tình trạng thở khó, sốt cao, ngủ lịm và chán ăn. Hơn nữa, các nghiên cứu cũng đã chứng minh rằng tác động lên năng suất sinh sản không phụ thuộc vào chủng virus. Theo thời gian các chủng virus độc lực cao tiếp tục tiến hóa, gây ảnh hưởng xấu đến sức khỏe đàn heo và thiệt hại kinh tế nặng nề cho ngành chăn nuôi heo.
Ở Trung Quốc vào năm 2006, xuất hiện bệnh "sốt cao" nghiêm trọng xảy ra ở một số trại heo và sau đó lan rộng ra gần một nửa Trung Quốc. Danh sách các triệu chứng lâm sàng rất dài, bao gồm: xung huyết da, xuất huyết điểm, đốm xuất huyết, nốt phát ban đỏ nhạt, nổi mụn, và các dấu hiệu này thường thấy ở tai, miệng, mũi, lưng và vùng đùi trong. Những triệu chứng thông thường khác như sốt cao (40-42 độ C), chán ăn, ho, hen suyễn, què quặt, run và rối loạn hô hấp. Ban đầu dấu hiệu "sốt cao" được nghi ngờ do dịch tả heo cổ điển hoặc dịch tả heo châu Phi gây ra và virus PRRS đã không bị nghi ngờ là mầm bệnh chính bởi vì có nhiều heo lớn chết mà triệu chứng này lại không điển hình do nhiễm virus PRRS. Diễn tiến bênh có thể kéo dài từ 5 đến 20 ngày, và heo nhiễm virus có khả năng lây nhiễm cao cho cả đàn trong vòng 3 - 5 ngày. Dịch PRRS kéo dài trong nhiều tháng, một phần do hiểu biết hạn chế về tác nhân gây bệnh. Theo Trung tâm kiểm soát bệnh động vật Trung Quốc (CADC), dịch bệnh do PRRS ảnh hưởng đến hơn 2 triệu heo với hơn 400,000 heo chết chỉ trong vòng 4 tháng. Tác nhân gây bệnh là virus PRRS được tìm thấy sau quá trình điều tra chuyên sâu có hệ thống, ứng dụng kỹ thuật PCR và kỹ thuật hóa mô miễn dịch. Ngày nay chủng virus PRRS không điển hình được xem là virus PRRS độc lực cao (HP-PRRSV). Một thời gian ngắn sau khi nổ dịch do virus PRRS độc lực cao tại Trung Quốc thì chủng này đã nhanh chóng lan khắp Đông Nam Á và các quốc gia lân cận.
Phân tích phát sinh dựa trên giải mã gen ORF5 của virus PRRS độc lực cao cho thấy nó giống với chủng PRRS đặc trưng ở Trung Quốc. Để nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa của virus PRRS độc lực cao thì toàn bộ trình tự gen của virus PRRS độc lực cao được so sánh với trình tự gen của virus PRRS xuất phát từ Trung Quốc và kết quả là virus PRRS độc lực cao đã tiến hóa dần từ virus PRRS CH-1a xuất hiện sớm ở Trung Quốc và con đường tiến hóa có thể truy ra từ các chủng PRRS trung gian. Hơn nữa, việc phân tích di truyền đã chứng minh rằng trên tất cả các chủng virus PRRS độc lực cao bị mất từ 1 - 29 amino axit trên protein nsp2 mà ban đầu đây được cho là một dấu hiệu về độc lực; tuy nhiên việc phát hiện các virus thực địa có khả năng gây bệnh thấp nhưng vẫn bị mất các amino axit ở cùng vị trí cho thấy rằng sự mất đoạn này không liên quan trực tiếp đến độc lực
